梅河口市共有大小河流55条,均属松花江上游辉发河水系。其中河长10千米以上的24条;5千米以上的31条,境内以辉发河流域为主,河流总长784.3千米,总流域面积2174.6平方千米;辉发河发源于辽宁省清原县的龙岗山脉,海拔高程520米,流经梅河口市、辉南县朝阳镇和桦甸市金沙乡,属省管河流;流域地貌在海龙水库以上以低山为主,海龙水库以下河谷逐渐开阔,呈喇叭口形向下游变宽,两岸大部分为耕地。流域内水系发达,
一级支流左岸有白银河、梅河、莲河、大沙河、右岸有一统河等,境内河流长度116千米,流域总面积1.49万平方千米,河道比降0.5‰;多年平均径流量5105万立方米,流域内耕地面积3294公顷,常住人口78.37万人,流经梅河口市、桦甸市、柳河县、辉南县及下属的35个乡镇;境内流经梅河口市区及山城镇等13个乡镇。粮食作物以玉米、水稻为主。
一统河为山丘河流,属辉发河一级支流,流经境内全长52.4千米,流域面积1593平方千米;河道平均比降1.04‰,多年平均径流量1027万立方米,流域内耕地面积3093.33公顷,常住人口2.7万人;发源于柳河县金厂岭,流经柳河县、梅河口市进化镇、杏岭镇、新合镇,于新合镇双胜村汇入辉发河;河流水质二级,河中多细沙和卵石,年侵蚀模数多年平均值约每平方千米1000吨,河道洪水来势凶猛,退水也较为迅速,属市管河流。
大沙河流为山丘河流,属辉发河一级支流,境内河长58.5千米,流域面积362.3平方千米,河道平均比降0.7‰,多年平均径流量5855万立方米,流域内耕地面积1.22万公顷,常住人口5.67万人,发源于磐石市青顶山南麓,在康大营镇北赵家街村由北向南流经康大营、一座营、牛心顶3个镇,于牛心顶镇三里村汇入辉发河,年侵蚀模数多年平均值约每平方千米3000吨,河道洪水来势凶猛,退水也较为迅速,属东丰县管河流。
亮子河属辉发河一级支流当石河一级支流,发源于兴华镇金家岗村,是梅河口市与磐石市的界河,从此向南流经兴华镇,在牛心顶镇陈家村流入辉南县、磐石市境内,境内河长32千米,流域面积193.2平方千米。